سید علی حسینی خامنه‌ای فرزند مرحوم حجت‌الاسلام‌والمسلمین حاج سید جواد حسینی خامنه‌ای، در فروردین‌ماه سال ۱۳۱۸ شمسی برابر با ۱۳۵۸ قمری در مشهد مقدس چشم به جهان گشود. او دومین پسر خانواده بود و زندگی مرحوم سید جواد خامنه‌ای هم مانند بیشتر روحانیون و مدرسان علوم دینی، بسیار ساده: «پدرم روحانی معروفی بود، اما خیلی پارسا و گوشه‌گیر […] زندگی ما به‌سختی میگذشت. من یادم هست شب‌هایی اتفاق می‌افتاد که در منزل ما شام نبود. مادرم با زحمت برای ما شام تهیه میکرد. […] آن شام هم نان و کشمش بود.»
خانه‌ای که خانواده‌ی سید جواد در آن زندگی میکردند در یکی از محله‌های فقیرنشین مشهد بود: «منزل پدری من که در آن متولد شده‌ام، تا چهار پنج سالگی من، یک خانه‌ی ۶۰ ـ ۷۰ متری در محله‌ی فقیرنشین مشهد بود که فقط یک اتاق داشت و یک زیرزمین تاریک و خفه‌ای! هنگامی که برای پدرم میهمان میآمد -و معمولاً پدر بنا بر این که روحانی و محل مراجعه مردم بود، میهمان داشت- همه‌ی ما باید به زیرزمین میرفتیم تا مهمان برود. بعد عده‌ای که به پدر ارادتی داشتند، زمین کوچکی را کنار این منزل خریده به آن اضافه کردند و ما دارای سه اتاق شدیم.»